So konnte die Sternwarte nach Monaten harter Arbeit rechtzeitig zum Ende des Internationalen Jahrs der Astronomie 2009 am 18. Dezember 2009 eingeweiht werden. An diesem Tag wurde das Projekt einer breiten und interessierten Öffentlichkeit sowie Vertretern aus Wissenschaft und Politik präsentiert und zugleich den externen Partnern öffentlich gedankt. Den Festvortrag hielt Prof. Dr. Matthias Steinmetz, Direktor des Astrophysikalischen Instituts in Potsdam und Vorsitzender des Verbands deutscher Sternwarten.
Im Verlauf des Jahres 2010 wurden die Teleskope in der Sternwarte installiert, eingerichtet und justiert. Dies geschah in enger Zusammenarbeit mit Mitarbeitern des Lehrstuhls für Astronomie der Universität Würzburg. Auch in dieser Phase waren wieder zahlreiche Schülerinnen und Schüler engagiert dabei.
Das erste Hauptinstrument war ein Schmidt-Cassegrain-Teleskop LX 200 der Firma Meade mit einem Spiegeldurchmesser von 30 cm.
Seit dem Wintersemester 2010/11 führt der Lehrstuhl für Astronomie einen Teil der praktischen Ausbildung der Studenten an der Sternwarte durch. Zu den Seminaren und Übungen sind immer auch Schülerinnen und Schüler eingeladen. Speziell Lehramtsstudierende können so in die fachliche Betreuung einzelner Teilprojekte einbezogen werden und auf diese Weise schon während des Studiums Erfahrungen im Umgang mit Schülerinnen und Schülern sammeln.
2011 entstand die Idee, die Schüler auch in die Wissenschaftliche Forschung des Lehrstuhl mit einzubinden. Aus dieser Überlegung heraus entwickelte sich das Projekt „Helligkeitsschwankungen Aktiver Galaxienkerne“.
Um die dafür nötigen CCD-Aufnahmen sinnvoll realisieren zu können, war das vorhandene Teleskop zu klein.
Nachdem einige Anträge zur Finanzierung eines größeren Teleskops nicht erfolgreich waren, konnte schließlich aus Mitteln der Universität Würzburg ein Teleskop mit Montierung beschafft werden, das Anfang 2012 in Betrieb genommen wurde.
Durch die enge partnerschaftliche Zusammenarbeit zwischen dem Schülerlabor und dem Lehrstuhl für Astronomie profitieren beide Seiten: Das Schülerlabor erhält Zugriff auf hochwertige astronomische Apparaturen des Lehrstuhls und dieser Zugang zu einer Sternwarte mit sehr guten Beobachtungsbedingungen. Das ist insofern bedeutsam, da Würzburg ansonsten nur eine Volkssternwarte hat, die in mittlerweile stark bebautem Gebiet liegt und damit auf Grund der vorhandenen Lichtverschmutzung nur mit Einschränkungen genutzt werden kann.
2016 wurde die Partnerschaft auf eine festes Fundament gestellt. Durch einen Kooperationsvertrag wurde die seit 2012 nach Prof. Dr. Hans Haffner benannte Sternwarte zur Schul- und Universitätssternwarte.
2017 wurde die Hans-Haffner-Sternwarte um ein drei Meter Radioteleskop erweitert.