Die Hans-Haffner-Sternwarte des Naturwissenschaftlichen Labors für Schüler am FKG e.V. wird zusammen mit dem Lehrstuhl für Astronomie der Universität Würzburg betrieben.
So wird die Sternwarte neben Schülerinnen und Schülern auch von Studierenden der Universität Würzburg im Rahmen von Vorlesungen, Seminaren und astronomischen Praktika genutzt.
Neben visuellen Beobachtungen und Astrofotografie wird an der Hans-Haffner-Sternwarte auch wissenschaftliche Forschung betrieben, in die Schüler wie Studenten eingebunden sind.
Im Forschungsprojekt "Helligkeitsschwankungen aktiver Galaxienkerne" zeigt sich die fruchtbare Kooperation zwischen Schule und Forschung besonders gut. Dabei messen Schülerinnen und Schüler des Schülerlabors und Studenten der Astronomie gemeinsam mit Fachwissenschaftlern regelmäßig die Helligkeit der Zentren ausgewählter Galaxien. Diese Messungen ergänzen die Forschungsarbeit der Arbeitsgruppe um Prof. Dr. Mannheim, die mit dem MAGIC-Teleskopsystem auf La Palma dieselben Objekte im Gammastrahlenbereich untersucht.
Die Sternwarte wurde in den Jahren 2008 und 2009 von Schülern, Eltern und Lehrern des FKG selbst gebaut (siehe Bautagebuch). Dabei wurden sie von zahlreichen Firmen und Betrieben der Region sowie von der Gemeinde Hettstadt tatkräftig unterstützt.
Als einmalige Besonderheit dieser Sternwarte kann die Kuppel gelten. Sie wurde von den Schülerinnen und Schüler der Werksberufsschule der Koenig & Bauer AG zusammen mit deren Lehrern und Ausbildern entworfen und gebaut.
Zum Abschluss des Internationalen Jahres der Astronomie 2009 konnte die Sternwarte am 18. Dezember 2009 eingeweiht werden. Das Hauptinstrument der Hans-Haffner-Sternwarte ist ein 50-Zentimeter-Astrograph der Firma Planwave auf einer 10Micron GM4000 Montierung, das am 21. März 2012 sein First-Light hatte. Dies war auch durch die Unterstützung der Firma Baader-Planetarium möglich.
Am 22. Februar 2016 wurde die gute und fruchtbare Kooperation zwischen dem Naturwissenschaftlichen Labor für Schüler am FKG e.V. und der Universität Würzburg durch den Abschluss eines Kooperationsvertrags dauerhaft institutionalisiert. Die Hans-Haffner-Sternwarte ist seitdem offiziell Schul- und Universitätssternwarte.
Von Herbst 2015 an wurde die Hans-Haffner-Sternwarte um einen Anbau und ein 3-Meter-Radioteleskop erweitert, das am 4. Oktober 2017 eingeweiht wurde. Die Errichtung wurde von der Klett-Stiftung, die Beschaffung des Radioteleskops durch die Wilhelm und Else Heraeus-Stiftung ermöglicht.